Dortmund đến Italy với một chút lợi thế sau chiến thắng kịch tính 3-2 trên sân nhà ở lượt đi với cú đúp của tân binh Michy Batshuayi. Nhưng Atalanta không phải đội bóng dễ chơi ở Europa League năm nay. CLB Serie A hai lần thắng đậm Everton và đứng nhất bảng E.
Sức ép trên sân nhà sớm được Atalanta cụ thể bằng bàn mở tỷ số của Rafael Toloi. Trong một pha phạt góc, Dortmund không kèm Mattia Caldara, để hậu vệ này chiến thắng thủ môn Roman Burki trong pha tranh bóng bổng. Caldara đánh đầu ngược, chuyền ra sau để Toloi đưa bóng vào khung thành trống bằng ngực.
Dortmund không thể bắt nhịp với trận đấu và để đối thủ cầm bóng nhiều hơn. Atalanta suýt có bàn thứ hai khi cú đánh đầu của Bryan Cristante đi chệch cột dọc. Thiếu tiền vệ trụ Julian Weigl, tuyến giữa của Dortmund mỏng manh hơn với Mario Gotze và Nuri Sahin.
Trong khi đại diện Đức chật vật trong việc tìm cách phá vỡ hàng phòng ngự kiên cố của đối thủ, Atalanta liên tiếp có những pha phản công nguy hiểm vào đầu hiệp hai. Hai tiền đạo của đội chủ nhà Alejandro Gomez và Josip Ilicic đều có cơ hội nhưng không thể ghi bàn.
Khi hiệp hai còn chừng 10 phút, Gomez có cơ hội dứt điểm trận đấu khi đối mặt thủ môn trong một pha phản công nhưng cú đá của anh đi trúng người Burki. Vài phút sau, cú đá nối chân trái của Andre Schurrle bị thủ môn Atalanta Etrit Berisha cản phá.
Cục diện chỉ được quyết định bởi hai cầu thủ mà HLV Peter Stoger tung vào sau giờ nghỉ là Marco Reus và Marcel Schmelzer. Cú đá chìm vừa nhẹ vừa không chính xác của Reus tưởng chừng vô hại nhưng trong điều kiện trời mưa, thủ môn Berisha phạm sai lầm khi không bắt dính bóng. Schmelzer lao vào đá bồi, ghi bàn mang vé đi tiếp về cho đại diện Đức.
Ở một trận đấu khác, bàn duy nhất của Kevin Gameiro giúp Atletico thắng Kobenhavn 1-0 trên sân nhà. Đây là trận đấu không mang nhiều ý nghĩa khi thầy trò Diego Simeone đã thắng 4-1 ở lượt đi và tỏ ra vượt trội so với đối thủ.