Vào ngày 16/11, đội tuyển Việt Nam sẽ đối đầu với thử thách lớn với Malaysia trên SVĐ Mỹ Đình. Đây là trận đấu quyết định lớn tới tấm vé đi tiếp ở bảng A khi Việt Nam và Malaysia đều được đánh giá rất cao.
Ở trận đấu quyết định này, HLV Park Hang Seo hoàn toàn có thể đặt niềm tin vào Công Phượng. Nói vậy bởi lẽ, trong quá khứ, tiền đạo người Nghệ An thực sự là hung thần của người Malaysia. Anh đã ghi 4 bàn và 4 lần đặt dấu ấn trong 3 lần chạm trán với đối thủ này.
Trận đấu đầu tiên với Malaysia diễn ra vào ngày 27/3/2015. Khi ấy, Công Phượng đã giúp U23 vượt qua U23 Malaysia ở vòng loại giải U23 châu Á với tỷ số 2-1. Công Phượng là người giúp Huy Toàn san bằng tỷ số. Sau đó, chính anh đã ghi bàn ấn định tỷ số 2-1.
Tại SEA Games 2015 (2/6/2015), Công Phượng tiếp tục tỏa sáng rực rỡ trong chiến thắng 5-1 của U23 Việt Nam trước U23 Malaysia. Ngày hôm ấy, tiền đạo của HAGL đã ghi 2 bàn thắng đẳng cấp vào lưới U23 Malaysia, trong đó có pha sút phạt tuyệt đẹp.
Ngoài ra, Công Phượng còn mang về 2 quả phạt đền cho Mạc Hồng Quân và Võ Huy Toàn ghi bàn. Việc tỏa sáng ở trận đấu này càng giúp tên tuổi của Công Phượng bay cao ở khu vực Đông Nam Á.
Đầu tháng 2/2017, Công Phượng tiếp tục đặt dấu ấn trong trận đấu giao hữu giữa U23 Việt Nam và U23 Malaysia. Anh ghi 1 bàn và kiến tạo 1 bàn, giúp U23 Việt Nam giành chiến thắng với tỷ số 3-0.
Ở AFF Cup 2018, Công Phượng đã ghi 1 bàn thắng vào lưới đội tuyển Lào ở trận mở màn. Đây là giải đấu mà tiền đạo xứ Nghệ được kỳ vọng rất lớn, sau khi đã tỏa sáng trong màu áo các đội trẻ Việt Nam những năm qua.