Trong cuốn tự truyện "Phút 89", rất nhiều lần Công Vinh đưa ra những nhận xét hoặc những câu chuyện không mấy đẹp đẽ về các HLV, từ ở ĐTQG đến CLB, trong đó có HLV kỳ cựu Nguyễn Thành Vinh.
Ông Vinh từng dẫn dắt ĐTQG, CLB SL Nghệ An và Hòa Phát Hà Nội, Hà Nội, hiện đã giải nghệ. Dù không còn ngồi ghế HLV nhưng ông Nguyễn Thành Vinh luôn theo dõi rất kỹ bóng đá nước nhà, và cũng không bất ngờ khi vị cựu HLV CLB Hòa Phát Hà Nội dành sự quan tâm tới tự truyện của Công Vinh.
Nói về HLV Nguyễn Thành Vinh hồi còn gắn bó với CLB Hà Nội ACB, Công Vinh tiết lộ rằng vị HLV này luôn ưu ái đặc biệt với ngoại binh Timothy. Cầu thủ này không cần tập tành gì vẫn được ra sân mà “không ai dám động đến”.
Đặc biệt, có lần, sau khi định “ăn thua đủ” với Timothy, Công Vinh đã rất bức xúc và nói thẳng với HLV Thành Vinh: “Bác làm thế là con không phục đâu”. Những câu nói đó, cũng đã được Công Vinh đưa vào tự truyện của mình
Tiền đạo xứ Nghệ nói về việc HLV Thành Vinh cho rằng “chuyện cầu thủ đánh nhau trên sân là… hết sức bình thường”, rồi gọi ông Vinh là”tiến sĩ gây mê” bởi mỗi khi ông giảng giải về chiến thuật, các học trò chỉ ngủ gật hoặc làm việc riêng. Trong mỗi buổi họp, ông Vinh chỉ... thao thao bất tuyệt chừng 30 phút là cho đội giải tán...
Về những chi tiết này được viết trên tự truyện của Công Vinh, HLV Nguyễn Thành Vinh tỏ ra bất ngờ, ông lên tiếng: “CLB Hà Nội ACB của anh Kiên là gộp Hòa Phát Hà Nội và Hà Nội ACB.
Công Vinh là tôi giới thiệu cho anh Kiên, để lấy về Hà Nội. Anh Kiên là một người rất đam mê bóng đá, rất nguyên tắc về chế độ, tiền lương, tiền thưởng. Dù thắng trận nào thật hay, tiền thưởng cũng chỉ thế thôi. Lương của ai cũng chỉ ở mức đó, không thể lên được.
Khi đó Công Vinh là người cao lương nhất CLB, theo tôi biết là 50 triệu, còn khoản khác thì tôi không biết. Về công tác huấn luyện, nói thật tôi rất nghiêm khắc. Lúc Công Vinh đánh nhau với Timothy, tôi đã đuổi Công Vinh về. Tôi không hiền đâu, ngay cả Công Vinh là một cầu thủ ngôi sao, được anh Kiên rất nuông chiều nhưng buộc tôi phải đuổi.
Trong một lần tập hồi phục, Timothy xin ra ngoài tập gì đó, không cùng với đội, Công Vinh mới nói “mày là gì mà ra ngoài”, thì Timothy mới nói “Tôi đã xin HLV rồi”. Công Vinh không hiểu sao, có thể cũng muốn tỏ ra mình là một cầu thủ có đẳng cấp ở CLB nên chạy lại, cùng một số cầu thủ khác, đánh nhau với cậu ta…”
“Ai cũng nghĩ Timothy là một thằng hư hỏng nhưng tôi nghĩ không phải đâu. Cậu ta giành giải Vua phá lưới năm đó”, ông Vinh nói.
Dù không đồng tình với một số chi tiết mà Công Vinh viết trong tự truyện, nhưng ông Thành Vinh cũng thừa nhận học trò cũ của mình đã dám nói nhiều sự thật về bóng đá Việt Nam, đặc biệt là những điều còn chưa chuyên nghiệp.